Üsküp Düşünce Okulu iki asır boyunca Balkanların yaşadığı derin krizlerin çözümünü iyiyi, doğruyu ve güzeli içselleştirmiş zarif insanların yetiştirilmesinde görmektedir. Bu mihverde bilgi, ahlak, değer ve yetkinlik üzerinden şekillenmiş insanların eylemlerini öncelemektedir. Aynı zamanda Üsküp Düşünce Okulu geliştirdiği programlar ile katılıcımcıların dünyaya, Balkanlara, şehirlere, toplumlara ve insanlara dair bir perspektif geliştirmlerini amaçlamaktadır.
Belirlediği bu amaçları sosyal bilimleri merkeze alarak disiplinler arası bir bakış ile dinleme, okuma ve yazma üzerinden ulaşmayı hedeflemektedir.
Lisans ve lisans üstü öğrencilerini hedef alan Üsküp Düşünce Okulu, seminerler, kitap okumaları, atölye çalışmaları, akademik rehberlik, öğrenci sempozyumları, öğrenci çalışmalarını çerçevesinde faaliyet göstermektedir.